Первое упоминание о Купино встречается в писцовых книгах за 1626 год под именем Артельная Поляна, расположенное на правом берегу реки Короча. В то время это было самое крупное село в «Короченском» стане Белгородского уезда. К нему очень близко подступали дремучий Корочанский лес и река, служившие хорошей защитой от набегов крымских татар. В писцовых книгах за 1646 года оно уже называется деревней Ртельная или Купина, где было 34 двора.
История
Возможно, что своё новое название село получило по фамилии Купиных — поселенцев, пришедших на место разрушенной крымскими татарами Артельной Поляны и основавших здесь новое селение на левом берегу Корочи, где земли плодороднее, луга и сенокосы богаче.
В Купино был развит промысел — гнутье дуг. Начиная с XVII века, их поставляли на ярмарки в окрестные села, а позднее — в южные губернии России, Сибирь, Москву. В 1797 году Купино стало волостным центром Корочанского уезда. Несколько семей из Купино уехали искать лучшей доли в Сибирь, и в 1880 основали там новое селение Купино. В настоящее время это город — районный центр Новосибирской области.
В 1904 году в Купино построили земскую школу, в которой первым учителем был Сергей Васильевич Анатовский.
В первые дни Великой Отечественной войны многие жители села ушли на фронт. 30 июня 1942 года Купино оккупировали немецкие войска. В сельском клубе фашисты держали жителей села в качестве заложников, чтобы ни один их солдат не был убит. 8 февраля 1943 года 100-я дивизия Советской Армии вступила в Купино. После войны более 150 мужчин-фронтовиков не вернулись домой. В их честь на окраине села воздвигнут памятник.
В 1958 году на волне де-сталинизации у колхоза появилось новое имя — «Россия».
В 1988 году колхоз «Россия» начал строительство в селе Доброе кукурузокалибровочного завода, ввёл в эксплуатацию крупнейшее в Европе предприятие по производству семян гибридной кукурузы в 1993 году.
В начале 1990-х специализированное хозяйство «Россия» было преобразовано в акционерное общество, а в 2000 году стало агрохолдингом ООО «Белгород-Семена» — одним из крупнейших в Белгородской области.
16 декабря 2001 года в Купино состоялось освещение храма Святителя Николая. Инициатором и председателем попечительского совета по его строительству был президент агрохолдинга «Белгород-Семена», заслуженный работник сельского хозяйства РФ, Почетный гражданин Шебекинского района и города Шебекино Николай Семенович Дудников.